Классификатор состоит из двух разделов: 
1-й раздел - «Муниципальные образования субъектов Российской Федерации», 
2-й раздел - «Населенные пункты, входящие в состав муниципальных образований субъектов Российской Федерации». Муниципальные образования субъектов Российской Федерации в классификаторе расположены в порядке следования федеральных округов.

Формула структуры кода в первом разделе ОКТМО: ХХ ХХХ ХХХ, где:
1, 2 знаки идентифицируют объекты классификации первой ступени классификации (субъекты Российской Федерации); 
3 – 5 знаки идентифицируют объекты классификации второй ступени классификации (внутригородские территории (внутригородские муниципальные образования) городов федерального значения, муниципальные районы, городские округа, муниципальные образования автономных округов, округов. Кодирование автономных округов, округов осуществляется в рамках соответствующих субъектов Российской Федерации.
6 – 8 знаки идентифицируют объекты классификации третьей ступени классификации (городские поселения, сельские поселения, межселенные территорииия). 

Каждому коду соответствует контрольное число, которое не входит в кодовое обозначение объекта. Блок наименований объектов классификации включает наименования муниципальных образований, установленные законами субъектов Российской Федерации о муниципальных образованиях, построение которых осуществляется по единым требованиям с использованием унифицированных терминов и понятий, принятых в Федеральном законе от 6 октября 2003 г. № 131-ФЗ «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации» (с изменениями). Для сокращения длины наименований выделены наименования группировочных позиций, в которые входят все нижестоящие позиции. При этом после наименования группировочной позиции ставится косая черта (/), а перед конкретными объектами классификации ставится дефис (-). Блок дополнительных данных включает информацию об административных центрах муниципальных районов и сельских поселений, а также о городах или поселках, на основе которых образованы городские округа и городские поселения.

Код                     КЧ     Наименование                                                                          Дополнительные данные 
11 000 000           3       Муниципальные образования Архангельской области 
11 600 000           4       Муниципальные районы Архангельской области 
11 605 000           2       Вельский муниципальный район                                               г Вельск 

Формула структуры кода во втором разделе ОКТМО: ХХ ХХХ ХХХ ХХХ, где:
1-8 знаки идентифицируют муниципальные образования, в состав которых входят населенные пункты; 
9-11 знаки идентифицируют населенные пункты. 

Пример записи позиций второго раздела новой версии ОКТМО (условный):

Код                     КЧ     Наименование                                                                    
11 000 000 000    3        Населенные пункты, входящие в состав муниципальных образований Архангельской области 
11 605 101 000    8        Населенные пункты, входящие в состав городского поселения Вельское Вельского мун. района 
11 605 101 001    6        г Вельск 

Для внедрения новой версии ОКТМО в информационную систему государственной статистики данным приказом Росстата предусмотрено осуществить загрузку классификатора в Автоматизированный банк классификаторов (АБК), Статистический регистр хозяйствующих субъектов Росстата (Статрегистр Росстата). Необходимые уточнения будут внесены в инструктивно-методические документы по сбору и обработке статистических данных и комплексы электронной обработки данных. Замена кодов ОКТМО ОК 033-2005 на коды ОКТМО ОК 033-2013 хозяйствующим субъектам, учтенным в Статрегистре Росстата, будет осуществлена в автоматизированном режиме. Обращения хозяйствующих субъектов в органы государственной статистики в целях получения информации об идентификации кодами новой версии ОКТМО не требуется. Источник: Росстат.